华哥空转第二期

华哥空转第二期
├── 数据资料
│ ├── k1.第一节课.spyder安装
│ │ ├── 录屏
│ │ │ └── 配置代码.txt
│ │ ├── 数据
│ │ ├── 文献
│ │ │ ├── 2020.cell.鳞状细胞癌.pdf
│ │ │ ├── 2023.sciadv.结肠癌.pdf
│ │ │ ├── 2023.sciadv.结肠癌_sm.pdf
│ │ │ └── 2024.Nature.pdf
│ │ ├── Miniconda3-latest-MacOSX-arm64.pkg
│ │ ├── Miniconda3-latest-Windows-x86_64.exe
│ │ ├── Spyder_64bit_full.exe
│ │ ├── Spyder_arm64.dmg
│ │ └── 配置代码.txt
│ ├── k10.Seurat 空转数据分析
│ │ ├── 代码
│ │ │ ├── 2023.nature主刊.肾脏.源代码Cell-State-Atlas-2022-develop
│ │ │ │ ├── SourceByTechnology
│ │ │ │ │ ├── 3DImagingCytometry
│ │ │ │ │ │ ├── Neighborhood_Features_070121.Rmd
│ │ │ │ │ │ └── README.md
│ │ │ │ │ ├── ClinicalIntegration
│ │ │ │ │ │ ├── aPT.txt
│ │ │ │ │ │ ├── aPT_aTAL_common.txt
│ │ │ │ │ │ ├── aTAL.txt
│ │ │ │ │ │ ├── Degenerative.txt
│ │ │ │ │ │ ├── ERCB_cellStates.R
│ │ │ │ │ │ ├── Neptune_CellStates.R
│ │ │ │ │ │ ├── README.md
│ │ │ │ │ │ └── Stromal.txt
│ │ │ │ │ ├── SlideSeq
│ │ │ │ │ │ ├── 1_RCTD_deconvolution_HuBMAP.R
│ │ │ │ │ │ ├── 1_RCTD_deconvolution_KPMP.R
│ │ │ │ │ │ ├── 2_proximityEnrichment.R
│ │ │ │ │ │ ├── 3_figures.R
│ │ │ │ │ │ ├── Cluster_Color_Table.tsv
│ │ │ │ │ │ ├── ExcludingLines.rds
│ │ │ │ │ │ ├── README.md
│ │ │ │ │ │ ├── SlideSeq_puck_regions.xlsx
│ │ │ │ │ │ └── utils.R
│ │ │ │ │ ├── snCv3_scCv3_SNARE2
│ │ │ │ │ │ ├── CausalDB_Sumstats_Kidney
│ │ │ │ │ │ │ ├── Blood_Urea_Nitrogen.bed
│ │ │ │ │ │ │ ├── Chronic_Kidney_Disease.bed
│ │ │ │ │ │ │ ├── Chronic_Kidney_Failure.bed
│ │ │ │ │ │ │ ├── eGFR.bed
│ │ │ │ │ │ │ ├── Glomerulonephritis.bed
│ │ │ │ │ │ │ ├── Gout.bed
│ │ │ │ │ │ │ ├── Hypertension.bed
│ │ │ │ │ │ │ ├── Kidney_Stones.bed
│ │ │ │ │ │ │ ├── Nephrotic_Syndrome.bed
│ │ │ │ │ │ │ ├── Renal_Hypertension.bed
│ │ │ │ │ │ │ ├── Urinary_Tract_Infections.bed
│ │ │ │ │ │ │ └── Urologic_Diseases.bed
│ │ │ │ │ │ ├── misc_files
│ │ │ │ │ │ │ ├── all_peaks.csv
│ │ │ │ │ │ │ ├── aTAL_Module_Latent-Time_TFBS_Gene_Set.txt
│ │ │ │ │ │ │ ├── Cluster.Color.Table.RDS
│ │ │ │ │ │ │ ├── color_factors.robj
│ │ │ │ │ │ │ ├── Cytosolic_Ribosome_Gene_Ontology.txt
│ │ │ │ │ │ │ ├── eQTL_Gene_Sets_for_Enrichment.txt
│ │ │ │ │ │ │ ├── GiottoUtils.R
│ │ │ │ │ │ │ ├── HKI_color_factors.robj
│ │ │ │ │ │ │ ├── Kidney_SNARE2_Dual_TF_Markers_Exp_STR_clusters.rda
│ │ │ │ │ │ │ ├── l1-l2_subclasses.tsv
│ │ │ │ │ │ │ ├── mouse.tal.module.assignment.rds
│ │ │ │ │ │ │ ├── pt.sc.module.assignment.rds
│ │ │ │ │ │ │ ├── pt.sn.module.assignment.rds
│ │ │ │ │ │ │ ├── pt.snare.module.assignment.rds
│ │ │ │ │ │ │ ├── sc-sn_int_color_factors.robj
│ │ │ │ │ │ │ ├── Scenescence_Marker_Gene_Sets.txt
│ │ │ │ │ │ │ ├── tal.psuedotime.rds
│ │ │ │ │ │ │ ├── tal.sn.sc.module.assignment.rds
│ │ │ │ │ │ │ ├── tal.snare.module.assignment.rds
│ │ │ │ │ │ │ └── tal.umap.embeddings.rds
│ │ │ │ │ │ ├── README.md
│ │ │ │ │ │ ├── scCv3_Adaptive_Epithelial_State_Supplementary_Table13.R
│ │ │ │ │ │ ├── scCv3_Adaptive_Stromal_State_Supplementary_Table14.R
│ │ │ │ │ │ ├── scCv3_Cycling_State_Supplementary_Table15.R
│ │ │ │ │ │ ├── scCv3_Degenerative_State_Supplementary_Table12.R
│ │ │ │ │ │ ├── Slide-seq_Fig2_5_EDFig_4_11.R
│ │ │ │ │ │ ├── SNARE2_Cell_type_DARs_TFBS_Activities.R
│ │ │ │ │ │ ├── SNARE2_GWAS_eQTL_EDFig12c-e.R
│ │ │ │ │ │ ├── SNARE2_Seurat_object.R
│ │ │ │ │ │ ├── snCv3-scCv3-SNARE2_Integrated_UMAP_Fig1c_EDFig3.R
│ │ │ │ │ │ ├── snCv3-scCv3-SNARE_Altered_State_Signatures_EDFig7.R
│ │ │ │ │ │ ├── snCv3-scCv3-SNARE_Expression_Regulation_Dotplots_Fig2_5_6_EDFig7_9_12.R
│ │ │ │ │ │ ├── snCv3-scCv3_Data_Integration.R
│ │ │ │ │ │ ├── snCv3-scCv3_Marker_Genes.R
│ │ │ │ │ │ ├── snCv3-SNARE2_Data_Integration.R
│ │ │ │ │ │ ├── snCv3_Adaptive_Epithelial_State_Supplementary_Table13.R
│ │ │ │ │ │ ├── snCv3_Adaptive_Stromal_State_Supplementary_Table14.R
│ │ │ │ │ │ ├── snCv3_Celloracle_aTAL_NR3C1_Perturbation.ipynb
│ │ │ │ │ │ ├── snCv3_Celloracle_aTAL_TFAP2B_Perturbation.ipynb
│ │ │ │ │ │ ├── snCv3_Celloracle_EDFig9_11.R
│ │ │ │ │ │ ├── snCv3_Celoracle_aSTR.ipynb
│ │ │ │ │ │ ├── snCv3_Celoracle_aTAL.ipynb
│ │ │ │ │ │ ├── snCv3_Clustering_Annotation.R
│ │ │ │ │ │ ├── snCv3_Cycling_State_Supplementary_Table15.R
│ │ │ │ │ │ ├── snCv3_Degenerative_State_Supplementary_Table12.R
│ │ │ │ │ │ ├── snCv3_Marker_Genes_Reference_Comparison_EDFig2.R
│ │ │ │ │ │ ├── snCv3_Plots_Stats_Fig2_EDFig1.R
│ │ │ │ │ │ ├── snCv3_RNA_Velocity_Fig5_EDFig9.R
│ │ │ │ │ │ ├── snCv3_sccaf_assessment.ipynb
│ │ │ │ │ │ ├── snCv3_scVelo_aPT_Modules.ipynb
│ │ │ │ │ │ └── snCv3_scVelo_aTAL_Modules.ipynb
│ │ │ │ │ ├── Trajectory
│ │ │ │ │ │ ├── notebooks
│ │ │ │ │ │ │ ├── LR.md
│ │ │ │ │ │ │ ├── Trajectory.html
│ │ │ │ │ │ │ └── Trajectory.md
│ │ │ │ │ │ ├── obj
│ │ │ │ │ │ │ ├── pt.sds.3d.rds
│ │ │ │ │ │ │ └── pt.sig.de.gene.txt
│ │ │ │ │ │ ├── cacoa.analysis.Rmd
│ │ │ │ │ │ ├── prepare.LR.obj.R
│ │ │ │ │ │ ├── Prepare.trajectory.obj.R
│ │ │ │ │ │ ├── preprocess.cacoa.R
│ │ │ │ │ │ ├── README.md
│ │ │ │ │ │ ├── trajetory.cond.smooth.gene_mat.R
│ │ │ │ │ │ └── util.func.R
│ │ │ │ │ └── Visium
│ │ │ │ │ ├── all_apithelial_colocalization.R
│ │ │ │ │ ├── dotplot_altered_states.R
│ │ │ │ │ ├── dotplot_glom.R
│ │ │ │ │ ├── merge_and_remove_razor_edge.R
│ │ │ │ │ ├── preliminary_plots.R
│ │ │ │ │ ├── README.md
│ │ │ │ │ ├── start_spatial_objects.R
│ │ │ │ │ ├── state_barplot.R
│ │ │ │ │ └── tal_neighborhoods.R
│ │ │ │ ├── Trajectory_files
│ │ │ │ │ └── figure-gfm
│ │ │ │ │ ├── unnamed-chunk-10-1.png
│ │ │ │ │ ├── unnamed-chunk-10-2.png
│ │ │ │ │ ├── unnamed-chunk-10-3.png
│ │ │ │ │ ├── unnamed-chunk-10-4.png
│ │ │ │ │ ├── unnamed-chunk-4-1.png
│ │ │ │ │ ├── unnamed-chunk-5-1.png
│ │ │ │ │ ├── unnamed-chunk-6-1.png
│ │ │ │ │ ├── unnamed-chunk-6-2.png
│ │ │ │ │ ├── unnamed-chunk-6-3.png
│ │ │ │ │ ├── unnamed-chunk-6-4.png
│ │ │ │ │ ├── unnamed-chunk-6-5.png
│ │ │ │ │ └── unnamed-chunk-9-1.png
│ │ │ │ ├── LICENSE
│ │ │ │ ├── README.md
│ │ │ │ └── Trajectory.html
│ │ │ ├── 2023.nature.肾脏.pdf
│ │ │ ├── 2023.nature主刊.肾脏.源代码Cell-State-Atlas-2022-develop.zip
│ │ │ ├── 2023.NG.pdf
│ │ │ ├── 2024.nature.pdf
│ │ │ ├── k10.seurat会议纪要.docx
│ │ │ └── 文献和代码.txt
│ │ └── 数据
│ │ ├── GBM1_spaceranger_out
│ │ │ ├── filtered_feature_bc_matrix
│ │ │ │ ├── barcodes.tsv.gz
│ │ │ │ ├── features.tsv.gz
│ │ │ │ ├── matrix.mtx.gz
│ │ │ │ ├── barcodes.tsv.gz
│ │ │ │ ├── features.tsv.gz
│ │ │ │ └── matrix.mtx.gz
│ │ │ ├── spatial
│ │ │ │ ├── aligned_fiducials.jpg
│ │ │ │ ├── detected_tissue_image.jpg
│ │ │ │ ├── scalefactors_json.json
│ │ │ │ ├── tissue_hires_image.png
│ │ │ │ ├── tissue_lowres_image.png
│ │ │ │ ├── tissue_positions_list.csv
│ │ │ │ ├── aligned_fiducials.jpg
│ │ │ │ ├── detected_tissue_image.jpg
│ │ │ │ ├── scalefactors_json.json
│ │ │ │ ├── tissue_hires_image.png
│ │ │ │ ├── tissue_lowres_image.png
│ │ │ │ └── tissue_positions_list.csv
│ │ │ ├── filtered_feature_bc_matrix
│ │ │ ├── filtered_feature_bc_matrix.h5
│ │ │ ├── molecule_info.h5
│ │ │ ├── spatial
│ │ │ ├── filtered_feature_bc_matrix.h5
│ │ │ └── molecule_info.h5
│ │ ├── allen_cortex.rds
│ │ ├── brain.rdata
│ │ ├── brain2.rdata
│ │ ├── GBM1_spaceranger_out.zip
│ │ └── seurat.RData
│ ├── k11.Giotto
│ │ ├── 代码
│ │ │ ├── nature主刊源代码.PDAC_Nature_2023-main
│ │ │ │ └── PDAC_Nature_2023-main
│ │ │ │ ├── Molecular_Cartography
│ │ │ │ │ └── Nature2023_Human_PDAC_MolecularCartography_analyses.r
│ │ │ │ ├── scRNAseq
│ │ │ │ │ ├── Human
│ │ │ │ │ │ ├── data
│ │ │ │ │ │ │ ├── DS_Store
│ │ │ │ │ │ │ ├── counts.RDS
│ │ │ │ │ │ │ └── metadata.RDS
│ │ │ │ │ │ ├── DS_Store
│ │ │ │ │ │ ├── Nature2023_Human_PDAC_scRNAseq_analyses.r
│ │ │ │ │ │ └── Nature2023_Human_PDAC_scRNAseq_pre_processing.r
│ │ │ │ │ └── Mouse
│ │ │ │ │ ├── COX2-KO_KPC
│ │ │ │ │ │ ├── Analysis.R
│ │ │ │ │ │ └── Pre-processing.R
│ │ │ │ │ └── Timecourse_KPC
│ │ │ │ │ ├── DS_Store
│ │ │ │ │ ├── Analysis.R
│ │ │ │ │ ├── Optimal_Transport.sh
│ │ │ │ │ ├── Pre-processing.R
│ │ │ │ │ ├── Velocity_and_Cellrank_analysis.ipynb
│ │ │ │ │ └── Velocyto.sh
│ │ │ │ ├── Visium
│ │ │ │ │ ├── Nature2023_Mouse_PDAC_Visium_DestVI_analysis.ipynb
│ │ │ │ │ ├── Nature2023_Mouse_PDAC_Visium_post_deconvolution_analyses.r
│ │ │ │ │ └── Nature2023_Mouse_PDAC_Visium_pre_processing.r
│ │ │ │ ├── DS_Store
│ │ │ │ ├── gitattributes
│ │ │ │ └── README.md
│ │ │ ├── 2023.nature.肾脏.pdf
│ │ │ ├── 2024.cancer cell.胰腺癌.Giotto.pdf
│ │ │ ├── 2024.Nature Cancer.黑色素瘤.pdf
│ │ │ ├── 2024.Nature Genetics.胰腺癌.pdf
│ │ │ ├── 2024.Nature主刊.胰腺癌.pdf
│ │ │ ├── Giotto-suite.zip
│ │ │ ├── Giotto.pdf
│ │ │ ├── k11.会议纪要.docx
│ │ │ └── nature主刊源代码.PDAC_Nature_2023-main.zip
│ │ └── 数据
│ │ ├── 10x_brain
│ │ │ ├── filtered_feature_bc_matrix
│ │ │ │ ├── barcodes.tsv.gz
│ │ │ │ ├── features.tsv.gz
│ │ │ │ └── matrix.mtx.gz
│ │ │ ├── HMRF
│ │ │ │ └── Spatial_genes
│ │ │ │ └── SG_topgenes_k20_scaled
│ │ │ │ ├── result.spatial.zscore
│ │ │ │ │ └── edges.txt
│ │ │ │ ├── expression_matrix.txt
│ │ │ │ ├── spatial_cell_locations.txt
│ │ │ │ ├── spatial_genes.txt
│ │ │ │ └── spatial_network.txt
│ │ │ ├── out
│ │ │ │ ├── 0-spatPlot2D.png
│ │ │ │ ├── 1-spatPlot2D.png
│ │ │ │ ├── 10-spatPlot2D.png
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│ │ │ │ ├── 13-spatPlot2D.png
│ │ │ │ ├── 14-spatDimPlot2D.png
│ │ │ │ ├── 15-violinPlot.png
│ │ │ │ ├── 16-plotMetaDataHeatmap.png
│ │ │ │ ├── 17-dimFeatPlot2D.png
│ │ │ │ ├── 18-plotMetaDataCellsHeatmap.png
│ │ │ │ ├── 19-spatCellPlot2D.png
│ │ │ │ ├── 2-HVFplot.png
│ │ │ │ ├── 2-spatPlot2D.png
│ │ │ │ ├── 20-spatDimCellPlot2D.png
│ │ │ │ ├── 21-spatCellPlot2D.png
│ │ │ │ ├── 3-HVFplot.png
│ │ │ │ ├── 3-screePlot.png
│ │ │ │ ├── 4-dimPlot2D.png
│ │ │ │ ├── 4-screePlot.png
│ │ │ │ ├── 5-UMAP.png
│ │ │ │ ├── 6-tSNE.png
│ │ │ │ ├── 7-UMAP.png
│ │ │ │ ├── 8-spatDimPlot2D.png
│ │ │ │ ├── 9-spatDimPlot2D.png
│ │ │ │ ├── brain_sc_expression_matrix.txt.gz
│ │ │ │ └── brain_sc_metadata.csv
│ │ │ ├── spatial
│ │ │ │ ├── aligned_fiducials.jpg
│ │ │ │ ├── detected_tissue_image.jpg
│ │ │ │ ├── scalefactors_json.json
│ │ │ │ ├── tissue_hires_image.png
│ │ │ │ ├── tissue_lowres_image.png
│ │ │ │ └── tissue_positions_list.csv
│ │ │ ├── V1_Adult_Mouse_Brain_filtered_feature_bc_matrix
│ │ │ ├── V1_Adult_Mouse_Brain_spatial
│ │ │ ├── filtered_feature_bc_matrix.h5
│ │ │ ├── spatial.zip
│ │ │ ├── V1_Adult_Mouse_Brain – Adult Mouse Brain (Coronal.mhtml
│ │ │ ├── V1_Adult_Mouse_Brain_filtered_feature_bc_matrix.tar.gz
│ │ │ └── V1_Adult_Mouse_Brain_spatial.tar.gz
│ │ ├── GBM1_spaceranger_out
│ │ │ ├── filtered_feature_bc_matrix
│ │ │ │ ├── barcodes.tsv.gz
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│ │ │ │ ├── matrix.mtx.gz
│ │ │ │ ├── barcodes.tsv.gz
│ │ │ │ ├── features.tsv.gz
│ │ │ │ └── matrix.mtx.gz
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│ │ │ │ ├── aligned_fiducials.jpg
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│ │ │ ├── filtered_feature_bc_matrix
│ │ │ ├── filtered_feature_bc_matrix.h5
│ │ │ ├── molecule_info.h5
│ │ │ ├── spatial
│ │ │ ├── filtered_feature_bc_matrix.h5
│ │ │ └── molecule_info.h5
│ │ ├── Rhistory
│ │ ├── 10x_brain.zip
│ │ ├── all.RData
│ │ ├── Giotto-suite.zip
│ │ └── GiottoData-master.zip
│ ├── k11.k12.R中单细胞空转联合分析—RCTD&CellTrek
│ │ ├── 代码
│ │ │ ├── 2024.NC.克罗恩病.RCTD.源代码GCA_LND-main
│ │ │ │ ├── bulk_RNAseq_validation.R
│ │ │ │ ├── ligand_receptor.R
│ │ │ │ ├── preprocessing.R
│ │ │ │ ├── proportion_change.R
│ │ │ │ ├── readme
│ │ │ │ ├── spatial.R
│ │ │ │ └── trajectory_analysis.R
│ │ │ ├── 2022.nature biotechnology.CellTrek.pdf
│ │ │ ├── 2022.Nature biotechnology.RCTD.pdf
│ │ │ ├── 2023.JCI.RCTD.pdf
│ │ │ ├── 2023.Nature Cancer.胶质瘤.CellTrek.pdf
│ │ │ ├── 2023.nature.乳房图谱.CellTrek.pdf
│ │ │ ├── 2024.immunity.免疫治疗.SPOTlight.CellTrek.pdf
│ │ │ ├── 2024.nature.神经毒性.RCTD.pdf
│ │ │ ├── 2024.nature.肿瘤进化.RCTD.pdf
│ │ │ ├── 2024.nature.脊髓损伤.RCTD.pdf
│ │ │ ├── 2024.NC.克罗恩病.RCTD.pdf
│ │ │ ├── 2024.NC.克罗恩病.RCTD.源代码GCA_LND-main.zip
│ │ │ ├── 2024.NC.衰老.CARD.pdf
│ │ │ ├── 2024.NG.小鼠肝损伤RCTD.pdf
│ │ │ ├── 2024.NG.肾纤维化.CellTrek.pdf
│ │ │ ├── CellTrek.Human_Kidney_Multiomics_and_Spatial_Atlas_-main.zip
│ │ │ ├── CellTrek.HumanBreastCellAtlas-main.zip
│ │ │ └── k12.会议纪要.docx
│ │ └── 数据
│ │ ├── 10x_brain
│ │ │ ├── filtered_feature_bc_matrix
│ │ │ │ ├── barcodes.tsv.gz
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│ │ │ │ └── matrix.mtx.gz
│ │ │ ├── HMRF
│ │ │ │ └── Spatial_genes
│ │ │ │ └── SG_topgenes_k20_scaled
│ │ │ │ ├── result.spatial.zscore
│ │ │ │ │ └── edges.txt
│ │ │ │ ├── expression_matrix.txt
│ │ │ │ ├── spatial_cell_locations.txt
│ │ │ │ ├── spatial_genes.txt
│ │ │ │ └── spatial_network.txt
│ │ │ ├── out
│ │ │ │ ├── 0-spatPlot2D.png
│ │ │ │ ├── 1-spatPlot2D.png
│ │ │ │ ├── 10-spatPlot2D.png
│ │ │ │ ├── 11-spatPlot2D.png
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│ │ │ │ ├── 14-spatDimPlot2D.png
│ │ │ │ ├── 15-violinPlot.png
│ │ │ │ ├── 16-plotMetaDataHeatmap.png
│ │ │ │ ├── 17-dimFeatPlot2D.png
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│ │ │ │ ├── brain_sc_expression_matrix.txt.gz
│ │ │ │ └── brain_sc_metadata.csv
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│ │ │ │ └── tissue_positions_list.csv
│ │ │ ├── V1_Adult_Mouse_Brain_filtered_feature_bc_matrix
│ │ │ ├── V1_Adult_Mouse_Brain_spatial
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│ │ │ ├── spatial.zip
│ │ │ ├── V1_Adult_Mouse_Brain – Adult Mouse Brain (Coronal.mhtml
│ │ │ ├── V1_Adult_Mouse_Brain_filtered_feature_bc_matrix.tar.gz
│ │ │ └── V1_Adult_Mouse_Brain_spatial.tar.gz
│ │ ├── CellTrek
│ │ │ ├── untitled_consensus_cluster
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│ │ │ ├── Rhistory
│ │ │ ├── brain_sc.rds
│ │ │ ├── brain_st_cortex.rds
│ │ │ └── newplot.png
│ │ ├── Doublet_mode
│ │ │ ├── RCTD_Plots
│ │ │ │ ├── cell_type_occur.pdf
│ │ │ │ ├── cell_type_weights.pdf
│ │ │ │ ├── cell_type_weights_doublets.pdf
│ │ │ │ └── cell_type_weights_unthreshold.pdf
│ │ │ └── Rhistory
│ │ ├── NC
│ │ │ ├── Rhistory
│ │ │ ├── Spaital_scatterpies.png
│ │ │ ├── Spaital_weights.png
│ │ │ └── spatial_vignette_ttr.jpg
│ │ ├── RCTD_results
│ │ │ ├── de_plots
│ │ │ │ ├── de_genes_Astrocytes.pdf
│ │ │ │ ├── de_genes_Excitatory.pdf
│ │ │ │ └── de_genes_Inhibitory.pdf
│ │ │ ├── de_plots_quant
│ │ │ │ ├── de_genes_Astrocytes.pdf
│ │ │ │ ├── de_genes_Excitatory.pdf
│ │ │ │ └── de_genes_Inhibitory.pdf
│ │ │ ├── de_plots_two_regions
│ │ │ │ ├── de_genes_Astrocytes.pdf
│ │ │ │ ├── de_genes_Excitatory.pdf
│ │ │ │ └── de_genes_Inhibitory.pdf
│ │ │ ├── de_summary
│ │ │ │ ├── all_Astrocytes.csv
│ │ │ │ ├── all_Excitatory.csv
│ │ │ │ ├── all_Inhibitory.csv
│ │ │ │ ├── sig_Astrocytes.csv
│ │ │ │ ├── sig_Excitatory.csv
│ │ │ │ └── sig_Inhibitory.csv
│ │ │ ├── myRCTD_merfish.rds
│ │ │ └── myRCTDde_merfish.rds
│ │ └── sc
│ │ ├── brain_sc_expression_matrix.txt
│ │ ├── brain_sc_expression_matrix.txt.gz
│ │ └── brain_sc_metadata.csv
│ ├── k13.轨迹分析
│ │ ├── 代码
│ │ │ └── k14.轨迹分析.stlearn.SPATA
│ │ │ ├── spata
│ │ │ │ ├── 2024.nature medicine.胶质瘤.pdf
│ │ │ │ ├── 2024.Nature.肝脏再生.pdf
│ │ │ │ ├── 2024.NC.SPATA.pdf
│ │ │ │ └── 2024.NC.损伤胶质细胞.pdf
│ │ │ ├── stlearn
│ │ │ │ ├── 2023.NC.stLearn.pdf
│ │ │ │ ├── 2023.NC.stLearn.s.pdf
│ │ │ │ ├── 2024.Cell Metabolism.轨迹+互作.pdf
│ │ │ │ ├── 2024.Nature Aging.互作.pdf
│ │ │ │ ├── 2024.nature.互作+轨迹.pdf
│ │ │ │ └── 2024.NG.空间分析.pdf
│ │ │ ├── 2024.NC.pdf
│ │ │ ├── 2024.NC补充材料.pdf
│ │ │ └── k14.轨迹分析.stlearn.SPATA.会议纪要.docx
│ │ └── 数据
│ │ └── k14
│ │ ├── breast_cancer_1
│ │ │ ├── filtered_feature_bc_matrix
│ │ │ │ ├── barcodes.tsv.gz
│ │ │ │ ├── features.tsv.gz
│ │ │ │ └── matrix.mtx.gz
│ │ │ ├── spatial
│ │ │ │ ├── aligned_fiducials.jpg
│ │ │ │ ├── detected_tissue_image.jpg
│ │ │ │ ├── scalefactors_json.json
│ │ │ │ ├── tissue_hires_image.png
│ │ │ │ ├── tissue_lowres_image.png
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