【基因学苑】生物信息培训VIP课程 – 带源码课件

总计: 📁 60 个文件夹, 📄 252 个文件

📂 【基因学苑】生物信息培训VIP课程 – 带源码课件
├── 📂 01生物信息入门
│ └── 🎬 01生物信息入门.mp4
├── 📂 02Linux基础
│ ├── 🎬 02Linux介绍.mp4
│ ├── 🎬 03Linux基础.mp4
│ ├── 🎬 04目录结构.mp4
│ ├── 🎬 05文件操作1.mp4
│ ├── 🎬 06文件操作2.mp4
│ ├── 🎬 07编辑脚本.mp4
│ └── 🎬 08权限和任务管理.mp4
├── 📂 03生物软件及数据库
│ ├── 🎬 09生物软件简介.mp4
│ ├── 🎬 10安装已编译软件.mp4
│ ├── 🎬 11源代码编译.mp4
│ ├── 🎬 12环境配置.mp4
│ ├── 🎬 13bioconda.mp4
│ ├── 🎬 14腾讯云安装软件.mp4
│ ├── 🎬 15虚拟环境.mp4
│ └── 🎬 16生物数据库管理.mp4
├── 📂 04illumina测序原理及数据处理
│ ├── 🎬 17测序数据下载.mp4
│ ├── 🎬 18了解测序这件事.mp4
│ ├── 🎬 19illumina测序原理之建库.mp4
│ ├── 🎬 20illumina测序原理之测序.mp4
│ ├── 🎬 21fastq文件介绍.mp4
│ ├── 🎬 22fastq文件处理.mp4
│ └── 🎬 23数据质控和过滤.mp4
├── 📂 05pacbio测序原理及数据处理
│ ├── 🎬 24pacbio测序原理.mp4
│ └── 🎬 25pacbio数据处理.mp4
├── 📂 06nanopore测序原理及数据处理
│ ├── 🎬 26nanopore测序原理.mp4
│ ├── 🎬 27碱基识别.mp4
│ └── 🎬 28nanopore数据处理.mp4
├── 📂 07解决软件报错
│ └── 🎬 29解决软件报错.mp4
├── 📂 08新冠病毒数据分析
│ ├── 🎬 30新冠病毒测序.mp4
│ ├── 🎬 31下载新冠病毒基因组序列.mp4
│ ├── 🎬 32下载新冠分析数据库.mp4
│ ├── 🎬 33新冠病毒快速鉴定.mp4
│ ├── 🎬 34新冠参考基因组拼接.mp4
│ ├── 🎬 35新冠病毒拼接结果验证.mp4
│ ├── 🎬 36拼接新冠病毒基因组.mp4
│ └── 🎬 37ArticNetWork流程.mp4
├── 📂 09构建系统发育树
│ ├── 🎬 38构建系统发育树.mp4
│ ├── 🎬 39iTol美化系统发育树.mp4
│ └── 🎬 40变种病毒识别.mp4
├── 📂 10二代基因组拼接
│ ├── 🎬 41了解基因组拼接.mp4
│ ├── 🎬 42基因组拼接原理.mp4
│ ├── 🎬 43kmer估计基因组大小.mp4
│ ├── 🎬 44二代测序拼接算法.mp4
│ └── 🎬 45二代测序拼接实战.mp4
├── 📂 11拼接结果统计及评估
│ ├── 🎬 46fasta格式文件介绍与处理.mp4
│ ├── 🎬 47quast评估.mp4
│ ├── 🎬 48busco评估.mp4
│ └── 🎬 49tablet以及bandage评估.mp4
├── 📂 12基因组拼接探索
│ ├── 🎬 50基因组拼接探索.mp4
│ └── 🎬 51混合拼接.mp4
├── 📂 13三代测序基因组拼接
│ ├── 🎬 52pacbio及nanopore基因组拼接.mp4
│ ├── 🎬 53组装结果纠错.mp4
│ ├── 🎬 54细菌完成图.mp4
│ └── 🎬 55不同物种拼接练习.mp4
├── 📂 14基因组序列分析
│ ├── 🎬 56原核生物基因预测.mp4
│ ├── 🎬 57真核生物基因预测.mp4
│ ├── 🎬 58基因功能注释.mp4
│ ├── 🎬 59ncRNA分析.mp4
│ └── 🎬 60重复序列分析.mp4
├── 📂 15序列比对
│ ├── 🎬 61blast比对.mp4
│ ├── 🎬 62blast使用案例.mp4
│ └── 🎬 63全局比对.mp4
├── 📂 16共线性分析
│ ├── 🎬 64共线性分析.mp4
│ └── 🎬 65MCScanX共线性分析.mp4
├── 📂 17基因家族分析
│ └── 🎬 66基因家族分析.mp4
├── 📂 18测序数据比对
│ ├── 🎬 67测序数据比对.mp4
│ ├── 🎬 68段序列比对练习.mp4
│ ├── 🎬 69长读长序列比对.mp4
│ └── 🎬 70多重比对问题如何处理.mp4
├── 📂 19sam和bam文件处理
│ ├── 🎬 71sam和bam格式文件介绍.mp4
│ ├── 🎬 72sam和bam处理案例（上）.mp4
│ └── 🎬 73sam和bam处理案例（下）.mp4
├── 📂 20Linux高级操作
│ ├── 🎬 74生物信息常用文件格式.mp4
│ ├── 🎬 75正则表达式.mp4
│ ├── 🎬 76文件搜索.mp4
│ ├── 🎬 77文本筛选grep.mp4
│ └── 🎬 78文本编辑.mp4
├── 📂 21表格处理
│ ├── 🎬 79cut-sort-uniq.mp4
│ ├── 🎬 80表格处理awk.mp4
│ ├── 🎬 81bioawk.mp4
│ ├── 🎬 82csvtk.mp4
│ └── 🎬 83datamash.mp4
├── 📂 22shell编程
│ ├── 🎬 84shell变量.mp4
│ ├── 🎬 85shell循环.mp4
│ └── 🎬 86shell判断.mp4
├── 📂 23生物信息分析服务器简介
│ ├── 🎬 87服务器简介.mp4
│ ├── 🎬 88硬件选购.mp4
│ ├── 🎬 89安装操作系统.mp4
│ ├── 🎬 90选择RAID.mp4
│ ├── 🎬 91设置云服务器.mp4
│ ├── 🎬 92yum工具.mp4
│ └── 🎬 93磁盘操作.mp4
├── 📂 24生物信息分析平台搭建
│ ├── 🎬 100配置R语言分析环境.mp4
│ ├── 🎬 101安装网络应用.mp4
│ ├── 🎬 94基础环境配置.mp4
│ ├── 🎬 95升级centos-stream.mp4
│ ├── 🎬 96重置服务器练习.mp4
│ ├── 🎬 97用户管理.mp4
│ ├── 🎬 98配置生物软件.mp4
│ └── 🎬 99配置生物数据库.mp4
├── 📂 25ubuntu系统配置
│ ├── 🎬 102ubuntu系统配置.mp4
│ └── 🎬 103虚拟机安装ubuntu.mp4
├── 📂 26R语言基础入门
│ ├── 🎬 104R语言简介.mp4
│ ├── 🎬 105R语言以及Rstudio安装.mp4
│ ├── 🎬 106rstudio设置.mp4
│ ├── 🎬 107开始使用R.mp4
│ ├── 🎬 108R环境设置.mp4
│ ├── 🎬 109R包管理.mp4
│ └── 🎬 110文件操作.mp4
├── 📂 27R数据结构
│ ├── 🎬 111向量.mp4
│ ├── 🎬 112向量索引.mp4
│ ├── 🎬 113矩阵.mp4
│ ├── 🎬 114数据框.mp4
│ └── 🎬 115因子列表缺失数据.mp4
├── 📂 28R数据处理
│ ├── 🎬 116数据处理.mp4
│ ├── 🎬 117数据转换.mp4
│ ├── 🎬 118随机抽样以及数据探索.mp4
│ ├── 🎬 119分组计算以及数据透视表.mp4
│ ├── 🎬 120tidyverse.mp4
│ └── 🎬 121dplyr数据处理.mp4
├── 📂 29R统计检验
│ ├── 🎬 122独立性卡方检验.mp4
│ ├── 🎬 123独立性t检验.mp4
│ └── 🎬 124相关性检验.mp4
├── 📂 30R统计建模
│ ├── 🎬 125统计建模.mp4
│ ├── 🎬 126购物篮分析.mp4
│ └── 🎬 127机器学习预测乳腺癌.mp4
├── 📂 31R基础绘图
│ ├── 🎬 128R语言技巧.mp4
│ ├── 🎬 129R基础绘图.mp4
│ ├── 🎬 130直方图.mp4
│ ├── 🎬 131饼图以及扇形图.mp4
│ ├── 🎬 132条形图以及分组条形图.mp4
│ ├── 🎬 133箱线图以及小提琴图.mp4
│ ├── 🎬 134韦恩图.mp4
│ └── 🎬 135绘图布局.mp4
├── 📂 32ggplot2绘图
│ ├── 🎬 136ggplot2绘图.mp4
│ ├── 🎬 137ggplot2散点图直方图条形图.mp4
│ ├── 🎬 138ggplot2分组条形图以及箱线图.mp4
│ ├── 🎬 139ggplot2小提琴图以及主题设置.mp4
│ ├── 🎬 140ggplot2扩展.mp4
│ └── 🎬 141科学文献绘图.mp4
├── 📂 33基因表达调控简介
│ ├── 🎬 142基因表达调控.mp4
│ ├── 🎬 143GEO数据库简介.mp4
│ └── 🎬 144关于基因的概念.mp4
├── 📂 34RNAseq概述
│ ├── 🎬 145RNAseq简介.mp4
│ ├── 🎬 146RNAseq原理.mp4
│ ├── 🎬 147RNAseq建库方法.mp4
│ ├── 🎬 148RNAseq不同测序平台比较.mp4
│ └── 🎬 149RNAseq定量方法.mp4
├── 📂 35RNAseq分析
│ ├── 🎬 150RNAseq分析环境搭建.mp4
│ ├── 🎬 151Bioconductor.mp4
│ ├── 🎬 152下载参考序列.mp4
│ ├── 🎬 153下载练习数据.mp4
│ ├── 🎬 154数据质控过滤.mp4
│ ├── 🎬 155hisat2建立索引.mp4
│ ├── 🎬 156hisat2比对.mp4
│ ├── 🎬 157featureCounts计数.mp4
│ ├── 🎬 158STAR比对.mp4
│ └── 🎬 159HTSeq-count计数.mp4
├── 📂 36利用R分析RNAseq数据
│ ├── 🎬 160DESeq2分析RNAseq数据.mp4
│ ├── 🎬 161DESeq2练习.mp4
│ ├── 🎬 162edgeR分析RNAseq数据.mp4
│ └── 🎬 163edgeR练习.mp4
├── 📂 37差异表达基因注释以及富集分析
│ ├── 🎬 164差异表达基因功能注释.mp4
│ ├── 🎬 165富集分析.mp4
│ ├── 🎬 166注释富集练习.mp4
│ ├── 🎬 167非模式生物注释富集.mp4
│ └── 🎬 168GSEA分析.mp4
├── 📂 38单细胞测序概述
│ ├── 🎬 169单细胞测序概述.mp4
│ ├── 🎬 170单细胞测序原理.mp4
│ └── 🎬 171_10xgenomics资源以及常见问题.mp4
├── 📂 39单细胞测序数据分析
│ ├── 🎬 172单细胞分析环境搭建.mp4
│ ├── 🎬 173利用cellranger分析单细胞数据.mp4
│ ├── 🎬 174结果解读.mp4
│ ├── 🎬 175LoupeBrowser.mp4
│ └── 🎬 176_10x练习数据.mp4
├── 📂 40利用Seurat分析单细胞数据
│ ├── 🎬 177安装Seurat.mp4
│ ├── 🎬 178Seurat读取数据.mp4
│ ├── 🎬 179质控过滤以及标准化.mp4
│ ├── 🎬 180聚类.mp4
│ ├── 🎬 181细胞亚群分类.mp4
│ ├── 🎬 182寻找marker基因以及细胞鉴定.mp4
│ └── 🎬 183Seurat练习.mp4
├── 📂 43空间转录组
│ └── 🎬 192空间转录组.mp4
├── 📂 44宏基因组简介
│ ├── 🎬 193宏基因组简介.mp4
│ └── 🎬 194宏基因组建库测序.mp4
├── 📂 45宏基因组分析环境搭建
│ ├── 🎬 195宏基因组分析环境搭建.mp4
│ └── 🎬 196国内镜像下载宏基因组数据库.mp4
├── 📂 46三代nanopore测序宏基因组数据分析
│ ├── 🎬 197物种分类原理.mp4
│ ├── 🎬 198centrifuge安装.mp4
│ ├── 🎬 199centrifuge数据库.mp4
│ ├── 🎬 200三代测序宏基因组物种分类鉴定.mp4
│ ├── 🎬 201pavian结果可视化.mp4
│ └── 🎬 202物种分类练习.mp4
├── 📂 47临床病原微生物检测
│ ├── 🎬 203临床样本病原微生物检测.mp4
│ └── 🎬 204批量进行致病菌鉴定.mp4
├── 📂 48二代宏基因组测序数据分析
│ ├── 🎬 205二代宏基因组分析软件安装.mp4
│ ├── 🎬 206二代宏基因组分析数据库下载.mp4
│ ├── 🎬 207kneaddata质控.mp4
│ ├── 🎬 208metaphlan物种分类.mp4
│ └── 🎬 209humann功能分析.mp4
├── 📂 49宏基因组分析结果可视化
│ ├── 🎬 210megan物种分类结果可视化.mp4
│ └── 🎬 211stamp分组比较.mp4
├── 📂 50二代宏基因组拼接
│ ├── 🎬 212二代宏基因组模拟数据拼接.mp4
│ └── 🎬 213二代宏基因组真实数据拼接.mp4
├── 📂 51三代纳米孔宏基因组拼接
│ ├── 🎬 214三代纳米孔宏基因组拼接.mp4
│ ├── 🎬 215nanopore模拟数据拼接.mp4
│ ├── 🎬 216nanopore宏基因组真实数据拼接.mp4
│ └── 🎬 217纳米孔组装纠错.mp4
├── 📂 52宏基因组功能分析
│ ├── 🎬 218宏基因组基因预测.mp4
│ ├── 🎬 219cdhit去冗余.mp4
│ ├── 🎬 220宏基因组基因功能注释.mp4
│ └── 🎬 221宏基因组定量分析.mp4
├── 📂 53metawrap分箱
│ ├── 🎬 222metawrap分箱.mp4
│ ├── 🎬 223metawrap配置.mp4
│ └── 🎬 224metawrap案例.mp4
├── 📂 54扩增子分析简介
│ ├── 🎬 225扩增子测序简介.mp4
│ ├── 🎬 226OTU还是ASV？.mp4
│ ├── 🎬 227alpha和beta多样性.mp4
│ ├── 🎬 228.16S分析环境搭建.mp4
│ ├── 🎬 229metadata.mp4
│ └── 🎬 230探索16S序列.mp4
├── 📂 55利用qime2分析16S数据
│ ├── 🎬 231qiime2简介.mp4
│ ├── 🎬 232qiime2导入数据.mp4
│ ├── 🎬 233qiime2实战.mp4
│ ├── 🎬 234多样性分析.mp4
│ ├── 🎬 235物种分类鉴定及可视化.mp4
│ └── 🎬 236不同组间丰度差异比较.mp4
├── 📂 56利用R分析16S数据
│ ├── 🎬 237拆分barcode.mp4
│ ├── 🎬 238利用dada2处理16S数据.mp4
│ ├── 🎬 239dada2物种分类鉴定.mp4
│ ├── 🎬 240dada2练习案例.mp4
│ ├── 🎬 241利用phyloseq可视化结果.mp4
│ └── 🎬 242.16S功能分析.mp4
├── 📂 57人基因变异检测
│ ├── 🎬 243人基因组分析简介.mp4
│ ├── 🎬 244全基因组与外显子和panel测序.mp4
│ ├── 🎬 245参考序列的影响.mp4
│ └── 🎬 246拼接与reads比对方法比较.mp4
├── 📂 58人基因组数据分析环境搭建
│ ├── 🎬 247人基因组分析环境搭建.mp4
│ └── 🎬 248瓶中基因组.mp4
├── 📂 59二代测序变异检测
│ ├── 🎬 249gatk简介.mp4
│ ├── 🎬 250变异检测原理.mp4
│ ├── 🎬 251生成bam.mp4
│ ├── 🎬 252bam文件处理.mp4
│ ├── 🎬 253gatk变异检测.mp4
│ ├── 🎬 254外显子与panel数据分析.mp4
│ ├── 🎬 255vcf文件.mp4
│ └── 🎬 256snp注释.mp4
├── 📂 60三代纳米孔变异检测
│ ├── 🎬 257纳米孔测序变异检测原理.mp4
│ ├── 🎬 258纳米孔数据比对.mp4
│ └── 🎬 259纳米孔测序SNP与SV检测.mp4
└── 📂 61igv变异可视化
└── 🎬 260igv变异可视化.mp4